Tujuan STAI Hasan Jufri Bawean adalah :

  1. Menghasilkan sarjana yang mempunyai kecerdasan spiritual, kekuatan emosional, integritas intelektual yang bertanggung jawab dan memiliki keahlian kewirausahaan.
  2. Menjadi lembaga yang mampu melaksanakan program-program penelitian dalam bidang ilmu-ilmu keislaman.
  3. Menumbuhkan kepribadian civitas akademika yang peduli dan mampu memberikan solusi terhadap masalah-masalah yang berkembang di masyarakat.
  4. Membentuk mahasiswa yang terampil melalui proses belajar mengajar yang dinamis, aktual, terbuka, dan mampu melakukan penelitian yang objektif.